Kun sankarimme saapuvat Milos-saarelle etsimään elvytysyrttejä, he kohtaavat yhdessä saaren asukkaan Lewisin kanssa legendaariset Pokémonit Tornaduksen ja Thunduruksen. Rakettiryhmä oli tuhonnut kiilat, jotka pitivät ne poissa saarelta, ja nyt ne taistelevat armottomasti, mikä uhkaa saaren olemassaoloa. Sankarimme onnistuvat kutsumaan Landoruksen (legendaarisen Pokémonin, joka on aiemmin kukistanut Tornaduksen ja Thunduruksen) ja se liittyy taisteluun. Juuri kun näyttää siltä, että Thundurus ja Tornadus ovat voittaneet Landoruksen, Lewis ja Gothorita antavat sille vähän elvytysyrttejä ja Landorus toipuu välittömästi!
Kun Landorus saa taivuteltua Tornaduksen ja Thunduruksen lopettamaan taistelemisen, kolme legendaarista Pokémonia palauttavat yhdessä Milos-saaren jälleen elinvoimaiseksi. Nyt elvytysyrttiä kasvaa runsain määrin ja sankarimme lähtevät saarelta mukanaan iso säkillinen yrttejä salijohtaja Claylle! He jättävät hyvästit Lewisille ja suuntaavat takaisin Driftveilin salille.
