Våra hjältar njuter av att få utforska Malie City och se alla sevärdigheter, för att inte tala om den goda maten som de får pröva, tillsammans med deras ninjareseledare Charlie Charma!Men när våra hjältar blir träffade av en stark vindpust blåser Shaymin, Meltan och Sandy iväg! Våra hjältar är fast beslutna att hitta dem, men det finns även andra som vill lägga vantarna på dem...Nämligen självaste Team Rocket! När de fångar våra hjältars Pokémon i en så kallad "ogenomtränglig" bur får de snart veta att Meltan kan äta sig igenom vad som helst! När Stufful uppenbarar sig med en flygdrake som ser ut som en Bewear drar trion snart iväg med en ny stil...Och våra hjältar återförenas igen! Ash får veta att Charlie är en Pokémon-tränare på Kanto-Gymmet, och han kan knappt vänta tills han får gå dit!