Lika snabbt som Pikachu drabbades av en mystisk krämpa som påverkade alla hans Elektrisk-typ moves, lika snabbt blev han fullständigt frisk av en andra åskstorm! Professor Oak och professor Juniper är överens om att händelsen beror på den Legendariske Pokémon Zekroms handlingar, och beslutar att fortsatt forskning är nödvändig.
Under tiden har Team Rocket anlänt i Unova-regionen och förbereder sig att iscensätta en operation med syfte att stjäla både Pikachu och Zekrom. Ash har också beslutat att fortsätta sin resa precis där i Unova-regionen och utrustad med en ny Pokédex och nya Poké Balls, beger sig vår hjälte iväg för att möta så många Unova-regionen Pokémon han kan. På vägen möter han Iris och hennes Pokémon Axew, medan han fångar sin första Unova-regionen Pokémon, Pidove. Men strax där efter iscensätter Team Rocket sin onda plan och kidnappar Pikachu, Pidove och Axew. Naturligtvis accepterar inte Ash detta bara så där, utan han kastar sig in i handlingen och strider mot sina gamla fiender Jessie, James och Meowth. Och med lite oväntad hjälp från vad han trodde var en liten blyg Pokémon, Oshawott (som hade följt efter Ash och Pikachu), återlämnas Ash och Iris Pokémon i säkerhet, medan Team Rocket försvinner på ett mystiskt sätt.
Efter det att de besökt Pokémon-centret, där Pikachu, Axew och Pidove återställs till perfekt hälsa av syster Joy, måste Iris erkänna att även om Ash uppför sig som en barnunge, är hon imponerad av hur han kastade sig in i handlingen när han räddade deras tre Pokémon, medan Ash undrar högt varför Oshawott hjälpte dem på det sätt han gjorde...
