Under sin resa med båt till Chocovine Town, där Dawns nästa Pokémon-tävling ska hållas, finner vi våra Hjältar undrande var Pikachu och Piplup tagit vägen. Det visar sig att de varit i en del av fartyget där de inte borde varit; Piplup vill leka men Pikachu vet att det är fel och vill att dom ska gå. Plötsligt uppenbarar sig ett förklätt Team Rocket och sveper iväg dem i sin ubåt, vilken våra Hjältar upptäcker just som Team Rocket åker. När Ash och Buizel tar upp jakten, fångas de plötsligt i en stark ström, och även om Konstapel Jenny räddar Ash så kastas Pikachu och Piplup av Team Rockets ubåt och tar sig sedan upp på en öde ö.
Där upptäcker de två en stor grupp med Pokémon, däribland Corphish som berättar för dem om en märklig glödande sten som alla Pokémon försöker hjälpa. Pikachu och Piplup erbjuder också sin hjälp och blir vän med den underliga glödande stenen, varefter våra Hjältar och Konstapel Jenny anländer till platsen samtidigt som allihop upptäcker att den glödande stenen innehåller en Deoxys, som samlar energi från en av de många meteorerna över ön.
När Team Rocket åter uppenbarar sig och försöker stjäla Deoxys, skickas de upp och flyger iväg igen, men Deoxys skyddar Ash med vänner från de nedfallande spillrorna från uppskjutningen, vilket räddar dem.
Våra Hjältar tackar Deoxys när den reser, förundrade över de många fantastiska Pokémon de fortfarande har kvar att upptäcka, och deras resa till Chocovine Town fortsätter.
