Malgré les efforts de nos héros, la Team Aqua et la Team Magma mettent en branle leur plan pour utiliser la puissance fabuleuse de deux Pokémon antiques afin de dominer le monde. Tandis que Pikachu fait tout son possible pour ne pas se laisser contrôler par l’Orbe Bleue, son opposée, l’Orbe Rouge, s'empare de l'esprit du chef de la Team Aqua. Submergé par cet immense pouvoir, le chef tente de détruire tout ce qui pourrait l'empêcher de conquérir le monde.