L'École Pokémon accueille un professeur inattendu : Saubohne ! Ce dernier présente son invention, qui réduit la taille des objets. Mais elle se dérègle et Sacha, Lilie et Chrys deviennent minuscules ! Saubohne recrute Motisma-Dex pour l'aider à réparer l'engin, tandis que nos héros sont projetés dans un monde où tout est gigantesque ! Ils finissent par retrouver Pikachu qui, en éternuant, leur rend leur taille normale !

Quant à Saubohne, il pense avoir réparé sa machine mais son nouvel essai rend Togedemaru gigantesque !