Legenden om ninja-hjälten!

Mitt i en lunchpaus blir våra hjältar glatt överraskade, när deras gamle vän Sanpei och hans Greninja dyker upp. De är på väg hem till Ninja-byn, och våra vänner blir medbjudna! Där träffar de Sanpeis bröder, Ippei och Nihei, såväl som byhövdingen Hanzo och hans assistent Shinobu. Alla blir imponerade över hur Sanpei växt som både ninja och Tränare. Våra hjältar är alldeles till sig över alla fantastiska Pokémon som finns i byn.. och Team Rocket, som iakttar dem från ovan, planerar att fånga dem allihop! Helt plötsligt attackeras byn av flera stycken Skarmory, och en grupp maskerade ninjor för bort hövdingen Hanzo! Vilka är de och vilka är deras avsikter? Svaren kommer, när resan fortsätter!