Sedan de bestämt att ta lite ledigt på sin färd till Sunyshore City och Ashs nästa Gymstrid, upptäcker våra Hjältar Meowth från Team Rocket; separerad från Jessie och James och förvirrad efter en dust med Team Galactic. När han har förklarat situationen, går Meowth och våra Hjältar tillbaka till Team Galactics hemliga bas för att rädda Jessie och James – liksom herr Looker från den Internationella Polisen.
Medan Team Galctic fortsätter sätta ihop de nödvändiga pusselbitarna för att slutligen uppnå sina onda planer, konfronterar våra Hjältar Jupiter från Team Galactic, som mystiskt nog informerar dem om att hon är medveten om deras tidigare möten med De Tre Sjö Pokémon Mesprit, Azelf och Uxie, vilket förbryllar våra Hjältar ännu mer. De räddar (tillsammans med Meowth) herr Looker, som har varit instängd i en cell med Jessie och James, men Team Galactic kommer undan och Looker och våra Hjältar får fortsätta undra vad den onda organisationen har för sig.
Medan Looker försöker reda ut mysteriet, upptäcker han ett föremål som Team Galactic lämnat kvar, och som, när det undersöks, förstör all information den Internationella Polisen har samlat in om dem – vilket gör alla frustrerade men dubbelt beslutna att gå till botten med Team Galctics onda plan, samtidigt som Pokémon Jägarn J förbereder sig för att fånga precis samma tre Sjö-Pokémon...
