Nos héros rencontrent par hasard le Spoink qu'ils avaient aidé auparavant à retrouver sa perle perdue. Le malheureux Pokémon a une fois de plus perdu la perle sur sa tête, mais cette fois, un chercheur qui étudie la cohabitation des Spoink et des Coquiperl lui promet de l'aider à remplacer la perle. Pendant ce temps, la Team Rocket tente de voler une précieuse perle bleue dans le laboratoire du chercheur.