La Team Rocket a capturé un jeune Ptyranidur, et veut le faire évoluer en un gigantesque  et puissant Rexillius. Mais Ptyranidur refuse absolument de rester avec eux. Il saute de leur ballon et tombe dans la rivière. C'est là que Clem, qui a entendu ses plaintes, le trouve coincé. Après que Clem l'ait libéré, Ptyranidur commence à tisser avec elle des liens d'amitié que nos héros remarquent avec attendrissement. Mais Lem n'arrive pas à comprendre pourquoi ce Ptyranidur se retrouve dans la nature. Cependant, la Team Rocket plus acharnée que jamais arrive à capturer Ptyranidur, Sapereau, Dedenne, et Clem ! Mais ils retrouvent très vite leur liberté et Clem imagine un plan très amusant pour ridiculiser le malheureux trio. Il s'ensuit une rude bataille au cours de laquelle Ptyranidur évolue en Rexillius, et où la Team Rocket s'envole vers d'autres cieux. Mais quand Clem réalise que Rexillius vient du Bureau d'Étude des Fossiles Pokémon, elle comprend avec beaucoup de tristesse qu'elle ne pourra pas le garder. Clem sèche ses larmes pour dire adieu à son nouvel ami, mais elle lui promet qu'elle reviendra lui rendre visite, et le voyage de nos héros continue !