Après un long périple à travers l’Île Spacieuse, nos héros aperçoivent quelque chose qui ressemble à une étoile filante – mais l’objet sombre dans l'océan. En examinant les débris, Sacha trouve une Pièce Rune, censée porter chance à son propriétaire. Interloqués par cette découverte, les trois amis se rendent au Centre Pokémon pour une bonne nuit de repos.

Mais la Team Rocket s’intéresse aussi à l'OVNI. James a également trouvé une Pièce Rune, tandis que Miaouss rencontre un groupe de Neitram, qui l’emmènent à bord de leur vaisseau spatial endommagé et tentent d’arracher la pièce de son front ! Les Neitram ont aussi localisé la Pièce Rune de Sacha et rôdent autour du Centre Pokémon...

Lorsque Sacha se réveille, il découvre que tout le monde ressemble à des Neitram ! Il cherche de l'aide, mais l'Agent Jenny et l’Infirmière Joëlle sont elles aussi victimes de ce mystérieux phénomène. Jessie et James sont les seuls à avoir gardé leur apparence, et ils décident de faire une trêve avec Sacha, le temps de comprendre ce qui se passe.

En ville, un vrai Neitram est en train d’obliger les habitants à chercher un objet qui ressemble à la Pièce Rune que Sacha a trouvée. Le trio est repéré, et ils doivent vite se faufiler dans une cachette, où ils retrouvent Miaouss. Ce dernier leur explique ce qu’il sait de la soucoupe volante. Sacha veut affronter les Neitram et les obliger à tout remettre en ordre, mais la Team Rocket a décidé de s’emparer de leur soucoupe volante pour l’offrir au Boss...

Ils se glissent à bord du vaisseau, mais les Neitram contrôlent l’esprit de Miaouss et s’expriment par sa bouche. Ils expliquent que leur véhicule a perdu sa source d’énergie. Il s’avère que l’objet dont ils ont besoin ressemble à la Pièce Rune que Sacha a trouvée, mais aussi à la pièce de Miaouss. Sacha offre sa Pièce Rune, mais ce n'est pas ce que cherchent les Neitram. James se dit alors que si sa propre Pièce Rune est vraiment la source d'énergie d'un vaisseau spatial, elle vaut beaucoup plus que ce qu’il croyait. Il décide donc de la garder, jusqu’à ce qu’un Tonnerre de Pikachu envoie les bandits dans les airs ; la Pièce Rune finit entre les mains de Sacha.

Sacha rend le précieux objet aux Neitram, qui réparent leur vaisseau et disparaissent dans le ciel. Puis, il retrouve Iris et Rachid, qui n'ont aucune idée de tout ce qui vient de se passer... Mais tout va bien, car ils sont prêts à continuer leur voyage !