C'est une belle journée en mer et nos héros profitent de l'air frais sur le pont quand un Crocrodil, un Azumarill et un Octillery se glissent discrètement à bord. Ils s’introduisent dans la réserve du bateau pour voler des caisses de nourriture, et tombent nez à nez avec la Team Rocket. L’alarme du bateau se met à sonner et Ronald comprend que ça ne peut signifier qu’une chose : il y a des pirates à bord !

Pikachu et Vipélierre découvrent les trois Pokémon en train de pousser un chariot chargé de nourriture volée. Des membres de l’équipage se lancent à leur poursuite, mais les voleurs n’en sont pas à leur premier coup. Ils sautent à bord d'un radeau où Couaneton, le quatrième membre du gang, les attend, et ils s’échappent, mais pas avant d’avoir précipité Miaouss et la Team Rocket dans l’océan !

Tandis que Miaouss jure de récupérer la nourriture volée, l'Agent Jenny de la police des Îles Décolores informe nos héros que cette bande de pirates est célèbre pour avoir volé toutes sortes de choses un peu partout dans l’archipel. Sacha, Iris et Rachid montent à bord du bateau de police pour aider à chercher les voleurs.

Miaouss a trouvé leur cachette, mais quand les pirates le découvrent, ils l’attaquent sans écouter sa proposition de discuter calmement. Bientôt, Dracaufeu guide le bateau de police jusqu’à la cachette et l'Agent Jenny met le gang de pirates en état d’arrestation. Sacha veut savoir pourquoi ils se sont si mal comportés, et avec Miaouss pour traducteur, les quatre pirates Pokémon relatent les mauvais traitements que leur ont infligés leurs Dresseurs, qui les ont ensuite abandonnés. Ils ont alors juré de se venger des humains en les volant ! Grotichon et Vipélierre peuvent comprendre leur réaction, mais comme les esprits s’échauffent, un combat est décidé. Si les pirates perdent, ils consentiront à arrêter leurs larcins. Et c'est exactement ce qui se passe.

Nos héros et l'Agent Jenny se préparent à partir quand une tempête survient. Ils remarquent soudain un canot en caoutchouc ballotté par les vagues avec à son bord trois Darumarond terrifiés ! L'eau est trop agitée pour envoyer le bateau de police, alors Crocrodil rassemble l'équipe et les quatre Pokémon se jettent à l’eau pour ramener le radeau vers le rivage. Impressionnée par leur courage, l'Agent Jenny leur propose de devenir sauveteurs, mais pas avant qu'ils n’aient présenté des excuses à tous ceux qu’ils ont volés.

Enfin, puisque l'avenir se présente bien pour les anciens pirates, nos héros reprennent leur croisière vers la région de Kanto !