La Team Plasma continue à mettre en œuvre son plan diabolique : s’approprier le Galet Blanc et capturer N. Rachid et Iris mettent toutes leurs forces dans la bataille, pendant que Sacha et N sont bloqués sous terre. N, qui peut entendre les voix intérieures de ses amis Pokémon, comprend qu’ils hurlent de désespoir. Sacha décide qu'ils doivent sortir de là et les aider, car il se souvient de la règle énoncée par le Professeur Keteleeria : ne jamais abandonner !

À l’étonnement de N, Sacha appelle ses amis qui se mettent tous ensemble à creuser un tunnel, et N est émerveillé du lien puissant qui existe entre eux.

Pendant ce temps, à la surface, Nikolaï a de nouveau activé son appareil à contrôler les Pokémon. Rachid et Iris sont obligés d’enfermer Crabaraque et Dracolosse dans leurs Poké Balls pour les soustraire à son contrôle. Ils sont donc sans défense, et la Team Plasma arrive pour les capturer. Au moment où Judith veut envoyer les Pokémon sous terre, Crocorible jaillit à la surface, suivi de Dracaufeu, Sacha et N, en possession du Galet Blanc !

Nikolaï recentre son appareil sur les Pokémon de Sacha, qui se hâte de les mettre en sécurité... tous, sauf Pikachu, qui a une aversion bien connue pour sa propre Poké Ball. La machine peut alors le contrôler, et Pikachu se met à attaquer ses propres amis. Sacha tente avec douceur de le raisonner, mais il échoue, et Pikachu déclenche une puissance attaque Tonnerre contre le jeune garçon, qui tombe à terre, évanoui.

Désespéré, N propose de se rendre, et de céder le Galet Blanc, si Nikolaï éteint l'appareil et rend sa liberté à Pikachu. Nikolaï accepte, N est capturé par la Team Plasma, et Pikachu retrouve ses esprits. Puis, Ghetis arrive et révèle son but ultime : éveiller le Pokémon légendaire Reshiram pour prendre le contrôle de son esprit ! Nos héros pourront-ils déjouer son ignoble plan avant qu’il ne soit trop tard ?