Ikke så snart var Pikachu blevet ramt af en mystisk lidelse, som berørte alle dens Elektrisk-type træk, før endnu et tordenvejr helbredte den ligeså hurtigt igen!
Professorerne Oak og Juniper mener, prøvelserne må stamme fra den Legendariske Pokémon Zekrom, og er enige om, at det må undersøges nøjere.
I mellemtiden er Team Rocket ankommet til Unova-regionen, og forbereder sig på en aktion, der går ud på at stjæle såvel Pikachu som Zenkrom. Ash har også besluttet sig for at fortsætte sin rejse i Unova-regionen, og udstyret med en ny Pokédex og nye Poké Balls, begiver vores helt sig af sted for at møde så mange af Unova-regionens Pokémon, han kan. På vejen træffer han Iris og hendes Pokémon Axew, mens han er ved at fange sin første Unova-Pokémon, Pidove. Men kort efter iværksætter Team Rocket deres onde plan og stjæler Pikachu, og desuden Pidove og Axew! Det kan Ash naturligvis ikke finde sig i, så han griber til handling og tager en kamp med sine gamle fjender Jessie, James og Meowth. Han får uventet hjælp af Oshawott, som er fulgt efter Ash og Pikachu, og som Ash troede var en forskræmt Pokémon – og således kommer Ash’ og Iris Pokémon tilbage i god behold, mens Team Rocket forsvinder på mystisk vis.
Efter et besøg på et Pokémon-center, hvor Pikachu, Axew og Pidove genvinder deres fulde styrke med Nurse Joys hjælp, må Iris indrømme, at selv om Ash opfører sig ”som et barn”, så blev hun imponeret over hans handlekraft, da han reddede de tre Pokémon. Imens udtrykker Ash undren over, at Oshawott sådan kom dem til hjælp..
