Når en mystisk Pokémon stjeler Halas Z-krystall, kommer Ultra Guardians til unnsetning — selv om det er midt på natten! De kommer tomhendte hjem, men dagen etter forteller Lusamine dem at de leter etter et Ultra Beast som heter Pheromosa. Pheromosa er fascinert av Z-krystaller, og den har stjålet flere fra intetanende trenere. Når den stjeler Team Rocket sine Z-krystaller, er det ingen hjelp å få fra Meowth som er helt betatt av tyven! Men når det blir tydelig at Pheromosa bare bryr seg om Z-krystaller, blir Meowth knust. Meowth vender tilbake til vennene sine, inkludert Bewear som i vanvare hjelper Ultra Guardians med å få Pheromosa tilbake til sin egen verden!