Onze helden bezoeken Aether Paradise, onderdeel van de Aether stichting die wordt geleid door Lusamine, de moeder van Lillie. Een indrukwekkende verscheidenheid aan [Pokémon] leeft in het reservaat, waaronder een groep Ditto die gevaccineerd moet worden. Professor Burnet vraagt Ash en zijn vrienden om te helpen met de vaccinaties, terwijl Lusamine druk aan het bellen is, maar een van hen ontsnapt en onze helden zetten de achtervolging in terwijl hij blijft transformeren. Uiteindelijk vangen ze hem als hij vermomd is als Sneeuwvlok en Lillie zich realiseert dat ze hem niet aan kan raken. Ondertussen heeft Team Rocket een baantje gekregen bij Aether Paradise en ze zijn Nebby op het spoor, als ze op het geheimzinnige laboratorium van Faba stuiten...