Mientras nuestros héroes visitan el hogar de su amigo Sanpei en la Aldea Ninja, Hanzo, el jefe, es capturado por un grupo de misteriosos ninjas. Su líder es Kagetomo, un poderoso ninja que ha decidido que él debería ser el jefe en lugar de Hanzo. Sanpei y sus hermanos están decididos a liberar al jefe y se enfrentan a Kagetomo y a sus fuerzas, con la ayuda de Ash, Serena y Lem.

Durante la batalla, el Frogadier de Ash evoluciona a un inmensamente poderoso Greninja. La fuerza ninja es derrotada, Kagetomo admite el error que ha cometido y decide concentrarse en su entrenamiento. Ash y sus amigos se quedan a disfrutar del festival de la aldea, en el que Hanzo nombra al hermano mayor de Sanpei, Ippei, como nuevo jefe. Tras la marcha de nuestros héroes, el hermano mediano, Nihei, les revela a los demás que ha visto algo en el Greninja de Ash que le recuerda al antiguo héroe de la aldea.