En pleno descanso para almorzar, nuestros héroes se ven gratamente sorprendidos por la aparición de su viejo amigo, Sanpei junto a su Greninja. Se dirigen a su hogar, a la Aldea Ninja, e invitan a nuestros héroes. Allí conocen a los hermanos de Sanpei, Ippei y Nihei, además del jefe de la aldea, Hanzo y su ayudante, Shinobu.

Todos quedan impresionados por el avance de Sanpei como ninja y como Entrenador. Nuestros héroes se maravillan ante los sorprendentes Pokémon que hay allí… y el Team Rocket, observando desde arriba, conspira para atraparlos a todos. De repente, varios Skarmory atacan la aldea y un grupo de ninjas enmascarados secuestran al Jefe Hanzo. ¿Quiénes son y cuáles son sus intenciones? Las respuestas llegarán. Y el viaje continúa.