Después de ser alcanzado por un rayo, Pikachu sufre una dolencia que le impide usar sus movimientos de tipo Eléctrico, pero una extraña segunda tormenta le restablece por completo su salud. Atribuyendo esta circunstancia al Pokémon legendario Zekrom, el Profesor Oak y la Profesora Encina acuerdan que es necesario investigar más el asunto.

Mientras tanto, el Team Rocket ha llegado a la región de Teselia y se prepara para lanzar una operación diseñada para robar a Pikachu y a Zekrom. A su vez, Ash está deseando comenzar su viaje por la región de Teselia. Equipado con un nueva Pokédex y nuevas Poké Balls, nuestro héroe parte a conocer a tantos Pokémon de la región de Teselia como puede. Al intentar atrapar a Pidove, se encuentra con una niña llamada Iris y su Pokémon Axew. Pero poco después, ¡el Team Rocket lanza su malvado plan para robar a Pikachu, Pidove y Axew! Por supuesto, Ash no se queda de brazos cruzados y se lanza a combatir contra sus viejos enemigos Jessie, James y Meowth. Con la ayuda inesperada de Oshawott, que ha estado siguiendo a Ash y a Pikachu, ponen a salvo a los Pokémon de Ash e Iris, mientras que el Team Rocket desaparece misteriosamente.

Tras visitar el Centro Pokémon, donde la Enfermera Joy devuelve por completo la salud a Pikachu, Axew y Pidove, Iris tiene que admitir que, aunque Ash se comporta como un crío, está impresionada por cómo ha entrado en acción para salvar a los tres Pokémon. Y Ash se pregunta en voz alta por qué Oshawott los ayudó de la manera en que lo hizo…