Når de kommer til Milosøyen for å finne oppvåkningsurter sammen med øyboeren Lewis, møter de på Tornadus og Thundurus, de Legendariske Pokémon. Kilene som ble reist for å holde dem unna ble ødelagt (av Team Rocket), og de er nå i en voldsom krig, som truer øyens eksistens. Det lykkes å kalle på Landorus (den Legendariske Pokémon som tidligere hadde beseiret Tornadus og Thundurus), og den voldsomme kampen mellom de tre Legendariske Pokémon opphører. Men når det viser seg at Thundurus og Tornados har beseiret Landorus, gir Lewis og Gothorita den lille mengden de har igjen av oppvåkningsurter til Landorus, som umiddelbart får nye krefter!
Etter at Landorus klarer å overbevise Tornadus og Thundurus om å stoppe krigingen, samarbeider de tre Legendariske Pokémon om å gjenskape Milosøyen slik den opprinnelig var. Nå gror det av oppvåkningsurter i enorme mengder og heltene våre kan ta med seg en stor sekk full av urter til Gym-lederen Clay! De tar farvel med Clay, og drar tilbake til Driftveil Gym.
