Våre helter er på vei til Nimbasa City, og midt på natten når de sover, blir de vekket av en flyvende UFO. Neste dag, mens de er innom en café for å snakke om det som skjedde natten før, forteller noen som bor i byen en historie om en venn som har fått en åpenbaring av verdensrommet, og om at de hadde dratt for å møte Professor Icarus (som på den andre siden av fjellet) for å spørre ham om det. Man vet veldig lite om denne vitenskapsmannen (en UFO-spesialist), men når de konfronterer ham, får de besøkende fra byen fryktelig hodepine. Cilan, som er en stor fan av professoren og hans arbeide, kommer fram til at de må dra til professorens hjemmelaboratorie selv for å finne ut av mysteriet.
I det de krysser en bro på veien, får de en åpenbaring - en advarsel om at fare er på ferde.
Samtidig har Team Rocket i all hemmelighet studert Pokémon Elgyem, som bor med professoren, og de planlegger å fange den.
Våre helter ankommer professorens hus, og når Cilan forklarer at han er en stor fant av Icarus, tør professoren opp og inviterer dem inn. Han forklarer sin teori om mørk materie, og at UFO-en de så er en flyvende tallerken som han selv har konstruert. Og plutselig blir de plutselig konfrontert med åpenbaring av at den flyvende tallerkenen ekspoloderer!
De skynder seg til laboratoriet, der de møter Elgyem og får vite at Elgyem og professoren deler huset sammen. De får også høre hvordan de to møttes. Det viser seg at Elgyem er ansvarlig for åpenbaringene alle har sett. Plutselig dukker et forkledd Team Rocket opp og prøver å fange Elgyem. En voldsom kamp følger, og våre helter kommer seirende ut, men det er først etter at Team Rocket ødelegger professorens flyvende tallerken.
Professoren blir ikke bekymret av den grunn, og lover å bygge opp tallerkenen igjen og ta Elgyem tilbake til verdensrommet, men det virker som Elgyem er lykkelig der den er.
Til slutt tar våre helter farvel med professoren og Elgyem og setter igjen kursen mot Nimbasa City.
