Nonostante i tentativi dei nostri eroi, il Team Idro e il Team Magma procedono con il loro piano teso a sfruttare la forza schiacciante dei due antichi Pokémon per conquistare il mondo. Mentre Pikachu cerca di non essere controllato dal gioiello, il capo del Team Idro deve vedersela con la Sfera Rossa. Travolto da un’incontrollabile brama di potere, il capo non si fa scrupoli a distruggere tutto ciò che si frappone tra lui e il suo obiettivo finale.