Nonostante un ricercatore locale sia considerato da tutti un pazzo perché convinto dell’esistenza di un enorme labirinto sotterraneo scavato dai Trapinch per evolversi tutti insieme e in segreto in Vibrava, Ash e amici decidono di concedergli il beneficio del dubbio. Seguendo il segnale di un chip installato su uno dei Trapinch, i nostri eroi di addentrano nel labirinto insieme al ricercatore e, a loro insaputa, fanno strada anche al Team Rocket. I tre furfanti mandano in fumo un altro piano e fanno precipitare Ash e la Pokémon Ranger (Scout) che sta viaggiando con loro nelle profondità del labirinto. Per fortuna il Trapinch col chip è ancora al loro fianco, ma per scappare, Ash e il suo nuovo compagno devono percorrere sentieri mai battuti prima da essere umano.