Jessie, James, Meowth e Wobbuffet ricevono una grande sorpresa all’arrivo di un Delibird dal quartier generale, che recapita i loro Pokémon! Dopo una commovente rimpatriata, escogitano un astuto piano per rubare Pikachu. Fingendo di fuggire dal Team Rocket, il Mime Jr. di James riesce a ingannare Ash, Misty e Brock, mentre Pikachu resta scettico. Gli altri Pokémon del Team Rocket riescono a far dividere i nostri eroi, lasciando Pikachu da solo, ma arrivano appena in tempo insieme ad Ash... e con loro arriva anche Latias che li aiuta a sconfiggere il Team Rocket per poi mostrare ai nostri eroi una visione di un Latios in pericolo! Nel frattempo, i Pokémon del Team Rocket iniziano ad andare nel panico perché Jessie, James e Meowth, dopo aver litigato, prendono strade diverse…