Mentre Meowth e i nostri eroi raggiungono Sciroccopoli, Jessie e James si preparano ad avviare il loro malvagio piano sotto la guida del Dottor Zager. Meowth convince i suoi compagni di viaggio a lasciare i loro Pokémon nello splendido Centro Pokémon di Sciroccopoli per un massaggio rilassante nel sicurissimo caveau del centro. Presto, però, si scopre che Meowth fa ancora parte del Team Rocket e che ha finto il contrario solo per potersi infiltrare in quel caveau e rapire tutti i Pokémon presenti!

Intanto, i Capimetrò di Sciroccopoli, Andy e Torn, stanno investigando su un misterioso “Treno Fantasma” che è stato avvistato più volte sui binari. A quel punto, una serie di eventi innescati dal Dottor Zager e dal Team Rocket getta Sciroccopoli nel caos. Spighetto, però, riesce a mettere insieme i pezzi del puzzle: gli avvistamenti del Treno Fantasma, la scomparsa dei Pokémon dal Centro Pokémon, il blocco del ponte levatoio… Tutti questi eventi sono opera del Team Rocket, che sta riuscendo per riuscire così a rapire un gran numero di Pokémon, tra cui quelli dei nostri eroi!

Spighetto, Ash e Iris partono all’inseguimento del Treno Fantasma utilizzando il vagone postale che collega l’ufficio postale cittadino con le linee della metropolitana, ma altri treni “esca” mandano in tilt Andy, Torn e i nostri eroi! Riusciranno a salvare i loro Pokémon e a riportare l’ordine a Sciroccopoli?