Ash y sus amigos quedan con el Profesor Abedul y le acompañan para investigar unas cuevas cercanas. Dentro de una de ellas, descubren una sala oculta ocupada por un joven que los echa enseguida de lo que él denomina su “base secreta”. Muy cerca de Ash y sus amigos, el Team Rocket no responde con tanta educación a la petición del chico, le echa de ahí y se queda con la base y el Nincada del chico. Todo se complica cuando las dos facciones rivales de Hoenn, el Equipo Aqua y el Equipo Magma, se infiltran en esa misma cueva pensando que se trata de la legendaria Cueva Ancestral.