El Team Flare parece haber sido derrotado, de momento. Lem ha destruido su sistema de control a un precio personal demasiado alto, y Alain y Ash han luchado contra Lysson hasta llegar a un punto muerto. Pero, cuando el villano se esfuma, afirma que su nuevo mundo llegará. Mientras, Mairin y Serena rescatan a Chespie, pero inmediatamente presencian horrorizadas cómo es absorbido por la misteriosa Roca Gigante, que cambia de forma para adoptar la apariencia de Zygarde. Y empieza a avanzar, dirigiéndose hacia el reloj solar de Fluxus en busca de más energía. Todos están decididos a detener esto como sea. Incluidos los Líderes de Gimnasio y la Campeona Dianta, que se unen a nuestros héroes para rescatar a Chespie y salvar el mundo.