Mientras continúa el intento de Lysson de apoderarse de Ciudad Luminalia, nuestros héroes están haciendo todo lo que pueden por derrotarlo. Ash y sus Pokémon han sido capturados, pero, cuando Alain comprende que su trabajo con Lysson ha sido solo una traición, los ayuda a liberarse. Ash y Alain unen sus fuerzas para desafiar a Lysson a un combate.

Blandín, una vez revelado como el Pokémon legendario Zygarde, sigue tratando de comunicarse con el Zygarde del Team Flare, pero una horrible máquina del Team Flare hace que Blandín quede bajo su control, mientras Clem lo observa todo con desesperación. El destino del mundo está en juego. ¿Quién saldrá victorioso?