Mientras Jessie, James y Meowth siguen conspirando para raptar a Pikachu, son interrumpidos por dos misteriosos seres: una mujer encapuchada, conocida como Madame X, y Malamar, un Pokémon con unos poderes hipnóticos alucinantes. Jessie y James caen rápidamente bajo su hechizo, pero Meowth consigue escapar y corre justo hacia nuestros héroes.
Ash, Serena, Lem y Clem ayudan a que se recupere el herido Meowth, y este les advierte de que Madame X y Malamar vienen a por Pikachu. Y justo eso es lo que ocurre cuando aparecen los dos junto a los hipnotizados Jessie y James: atrapan a Pikachu con el Psíquico de Malamar y huyen hacia su guarida.
Lem tiene un invento nuevo, un robot con forma de Pikachu diseñado para rastrear la energía de Pikachu, al cual siguen hasta un observatorio donde se queda atascado en la valla y estalla. Lem le hace unas reparaciones rápidas y, entonces, Clem ve la moto de la Agente Mara aparcada en el exterior del edificio. Nuestros héroes entran a investigar y en el interior se topan con Madame X junto a Pikachu, que ha caído bajo el hechizo de Malamar. Serena, Clem y Lem también caen bajo su hechizo, y Meowth ataca a Ash para que controle y no se deje hipnotizar.
Pikachu, al principio, obedece la orden de Madame X de detener a Ash como sea, pero el vínculo entre Ash y Pikachu es más fuerte que ningún poder hipnótico, y Pikachu consigue liberarse del trance. Entonces, el Pikabot, que ha reanudado la búsqueda, entra en escena. Se choca contra Malamar, alterando sus poderes, y todos vuelven a la normalidad, incluida Madame X, que, al quitarse la capucha, revela que en realidad es la Agente Mara.
Malamar habla orgulloso, y Meowth traduce. Al parecer, Malamar tiene un plan maestro: a través de un dispositivo, controlar las mentes para apoderarse del mundo. Controlar a la Agente Mara para convertirla en su cómplice era solo el primer paso, pero, ahora que su plan ha sido descubierto, ha decidido destruir el dispositivo.
Todos corren para salvarse, y el edificio salta por los aires, pero Malamar escapa. ¿Qué ocurrirá con su plan maestro?
