Ash lo pasa de maravilla volando sobre el lomo del Pokémon legendario Reshiram. De repente, aparece Iris montada sobre el lomo del Pokémon legendario Zekrom y los desafía a un combate. Zekrom lanza un temible Rayo, que hace que Ash caiga desde el cielo y aterrice en su cama en el laboratorio de la Profesora Encina. Estaba soñando. Como Iris no podía despertarle, le ha pedido a Pikachu que use Rayo sobre él. Iris le dice que se prepare, porque la siguiente parte de su aventura comienza hoy. Ash ha decidido volver a casa, a la región de Kanto, y Millo e Iris deciden que van a acompañarle. La Profª Encina sugiere que viajen a Kanto en un crucero que hace escalas en las Islas Decoloras, una idea que a todos parece gustarles, incluidos a los tres cotillas del Team Rocket.

Gracias a la picaresca del Team Rocket, nuestros héroes terminan embarcando en el viejo barco del Team Rocket, en vez de en el que va hacia Kanto de verdad. Jessie, disfrazada de empleada del barco, consigue que Ash, Iris y Millo le entreguen sus Poké Balls e invita a Pikachu y a Axew a tomar un tentempié. Encierra a los Pokémon dentro de la sala de juegos, mientras James, disfrazado de capitán, ha llevado a nuestros héroes a su camarote y también los ha encerrado.

Pero una Poké Ball sale rodando mientras Jessie está distraída, y Oshawott queda libre y se va a explorar el barco. Rápidamente descubre el plan del Team Rocket. Ataca y golpea con su Concha Filo el panel de control, dejando el barco sin electricidad y permitiendo que se abran todas las puertas. Ash, Iris y Millo llaman rápidamente a sus Pokémon y se dirigen a cubierta para enfrentarse al Team Rocket. Comienza el combate, aunque Millo advierte que combatir en un barco puede que no sea muy buena idea. Y pronto se demuestra que tenía razón cuando Iris le dice a Excadrill que use Excavar y lo hace atravesando la cubierta del barco, el cual comienza a hundirse.

El Team Rocket sale volando sobre un enorme chorro de agua y nuestros héroes consiguen escapar y encontrar el barco que les corresponde. Ya van todos a bordo hacia Kanto, vía  Islas Decoloras, y la aventura continúa.