Mientras que Meowth y nuestros héroes llegan a Ciudad Mayólica, Jessie y James se preparan para desarrollar un siniestro complot, bajo la dirección del Doctor Zager. En el fantástico Centro Pokémon de Ciudad Mayólica, Meowth les convence para que dejen que sus Pokémon reciban un relajante masaje en la segura Bóveda del Centro Pokémon. Sin embargo, descubrimos que Meowth sigue formando parte del Team Rocket, y que su viaje con nuestros héroes no ha sido más que una estrategia para entrar en la Bóveda y robar todos los Pokémon que se encontraban allí.

Los Jefes de Metro de Mayólica, Fero y Caril han estado investigando el misterioso Tren Fantasma, que ha sido visto vagando por la red del metro en varias ocasiones. Una serie de incidentes instigados por el Doctor Zager y el Team Rocket lleva al caos a Ciudad Mayólica. Pero Millo se las arregla para colocar las piezas del rompecabezas de los recientes acontecimientos: Los avistamientos del Tren Fantasma; las Poké Balls perdidas del Centro Pokémon; que el puente de Ciudad Mayólica se haya quedado atascado en posición vertical. Todo forma parte del complot del Team Rocket para robar muchos, muchos Pokémon, incluidos los de nuestros héroes.

Millo, Ash e Iris parten en persecución del Tren Fantasma usando la vagoneta de correos que conecta la Oficina Postal de Ciudad Mayólica con la línea del metro, pero numerosos señuelos del Tren Fantasma desconciertan a nuestros héroes, a Fero y Caril. ¿Serán capaces de rescatar a sus Pokémon y salvar a Ciudad Mayólica de caer en el abismo?