På vej til Pomace-bjerget for at træne kommer vore helte ind i en labyrintisk grotte, hvor de støder ind i en sværm af hidsige Noibat – jaget op som led i en af Team Rockets skumle planer! I forvirringen bliver vennegruppen splittet op: Ash, Serena, Bonnie og Lucario havner i den ene grotteindgang, mens Clemont, Korrina og Pikachu befinder sig ved den anden indgang. Skurkene benytter nu chancen for at slå til mod Clemonts gruppe, og takket være ”Mecha-udviklings-apparater” sat på Team Rockets Pokémon får de snart overtaget.
Imens har Lucario følt sig frem til Korrina, og takket være deres nære bånd og Ashs Fletchlings sporingsevner genforenes de to grupper – men selv Lucario kan ikke overgå Team Rockets teknologi. Som sidste udvej Mega-udvikler den sig igen – og går straks amok, i takt med at styrken fra dens aura overdøver Korrinas stemme. Men Korrina giver ikke så let op, og Mega-Lucario kommer til fornuft i rette tid til at sende Team Rocket ud at suse igen, før den synker sammen helt udmattet. Deres rejse er dog først lige begyndt...
