Meowth og vores helte ankommer til Nimbasa City, og Jessie og James er i gang med at forberede sig på deres skumle plan, med vejledning fra Dr. Zager. Pokémon Centeret i Nimabsa Citys Pokémon Center er utrolig stort, og Meowth overbeviser vores helte om at de skal lade deres Pokémon få en beroligende massage. Det viser sig, at Meowth stadig en del af Team Rocket, og dens rejse med vores helte har bare været et trick, så de kunne komme ind i Pokémon Centeret boks og stjæle alle Pokémon.
I mellemtiden er Undergrundscheferne, Ingo og Emmet, i færd med undersøge det mystiske "Spøgelsestog", som er blevet observeret kørende rundt I undergrunden op til flere gange. Der sker en masse ting, forårsaget af Team Rocket og Dr. Zager, og Nimbasa City er i kaos, men Cilan formår at lægge to og to sammen, og han regner ud, at det er Team Rocket der star bag det hele.
Cilan, Ash og Iris prøver at fange Spøgelsestoget ved hjælp af en Postdræsine, men Team Rocket har lagt fælder ud. Andre spøgelsestoge kører rundt som lokkemad og forvirrer alle, inklusiv Ingo og Emmet. Vil de være i stand til at redde deres Pokémon og bringe orden tilbage i Nimbasa City? Fortsættelse følger!
