Auf ihrer Reise stoßen unsere Helden und N auf einige Männer von Team Plasma, die ahnungslose Pokémon fangen und an ihnen Experimente vornehmen! Als es zu einem heftigen Kampf zwischen den beiden Seiten kommt, gerät N in die Schusslinie und wird ernsthaft verletzt. Aus dichtem Nebel tauchen plötzlich zwei mysteriöse Frauen auf und nehmen den bewusstlosen N mit zu einem abgelegenen Teich, in den sie ihn hineinlegen. Unsere Helden werden heimlich Zeugen dieses Schauspiels. Erstaunt stellen Ash und seine Freunde fest, dass N danach wieder völlig gesund ist! Kurze Zeit später entdecken sie, dass N und seine beiden Freundinnen, Elfriede und MinnaMinna, in einem geheimen Versteck leben, das auch als Zufluchtsort für verletzte  Pokémon dient. N erzählt unseren Gefährten, dass er als kleiner Junge in einem großen Anwesen lebte, doch es war ihm nicht erlaubt, nach draußen zu gehen. Von G-Cis, dem Anführer von Team Plasma, haben N, Elfriede und Minna erfahren, dass es ihnen bestimmt ist, mithilfe ihrer besonderen Kraft die innere Stimme der Pokémon zu hören und sie davor zu bewahren, von Menschen misshandelt zu werden. Aber als es zu einer Konfrontation mit dem Legendären und sehr wütenden Reshiram und G-Cis kommt, wird ihnen klar, dass G-Cis sie die ganze Zeit belogen hat. Doch N und seine Gefährtinnen sind immer noch der Ansicht, dass man bei Menschen nicht darauf vertrauen kann, dass es ihnen nur um das Wohlergehen der Pokémon geht. Sie sind der festen Überzeugung, dass man die Pokémon von den Menschen fernhalten muss. Daraufhin sind unsere Helden jedoch fest entschlossen, ihnen zu beweisen, dass sie mit ihrer Meinung falsch liegen. Elfriede und Minna sehen kurz darauf erstaunt dabei zu, wie ein erst kürzlich misshandeltes Pokémon sich mit den jungen Trainern anfreundet! Als die Leute von Team Plasma Ns Versteck entdecken, kommt es erneut zu einem heftigen Kampf. Zum Glück sind unsere Helden dieser Aufgabe gewachsen und Team Plasma wird wieder einmal besiegt – zumindest fürs Erste! Trotzdem bleiben N, Elfriede und Minna bei ihrer Meinung, dass Menschen und Pokémon nicht zusammenleben können. Sie verabschieden sich von unseren Freunden und verschwinden im Nebel. Ash und seine Gefährten fragen sich, ob sie ihren Freund N je wiedersehen werden.