Våra hjältar besöker Aether Paradiset, en del av Aether Institutet som drivs av Lillie's mamma, Lusamine. En stor samling Pokémon bor i miljövårdsområdet, inklusive en grupp Ditto, som behöver ta en spruta! Professor Burnet tar hjälp av Ash och hans vänner så att de kan få Ditto att ta vaccinationssprutorna medan Lusamine är upptagen i telefon. Men en av de rymmer och våra hjältar jagar den runt hela området trots att den fortsätter att förvandla sig. De fångar den till slut - och Lillie inser att hon inte kan röra den! Under tiden som det pågår har skurkarna i Team Rocket fått jobb på Aether Institutet, och de är hack i häl på Nebby när de råkar hitta Faba's mystiska laboratorium...