När våra Hjältar förbereder sig för att ta båten till Chocovine Town, mottar de ett nödanrop från sin vän Barry, som tråkigt nog informerar dem om att hans Empoleon uppför sig väldigt märkligt och har stora smärtor. De erbjuder sig att resa till Iron-ön för att hjälpa Barry gå till botten med vad som händer. Men när de når fram, berättar Syster Joy att Barry inte har inväntat deras ankomst utan givit sig iväg. De får också veta att alla Stål-typer av Pokémon på ön besväras av samma problem som Empoleon.
Medan de är ute och letar efter Barry, möter de en begåvad tränare av Stål-typer vid namn Riley, och hans fantastiska Lucario, som även de försöker förstå vad som pågår. Samtidigt har dock Barry oavsiktligt (och bokstavligt!) sprungit på Team Rocket, och han anklagar dem för att vara orsaken till problemen för Pokémon av Stål-typ. De förnekar detta, men sedan träffar de fyra på de verkliga missdådarna: Team Galactic! Sedan Team Rocket fångats av Team Galactic, stöter även Riley och våra Hjältar på ruinerna där Team Galactic i hemlighet har arbetat, och Ash med vänner upptäcker att de lågfrekventa ljudvågor som uppenbarligen orsakat problemen med Stål-typer av Pokémon hela tiden, alstras just där! Därefter inser de att Team Galactics syfte med att vara där kan vara att närma sig sitt ultimata mål att kontrollera Sinnoh tid-och-rum! Men när ett förblindande ljus sänds ut från ruinerna och Rileys Lucario plötsligt blir våldsamt påverkad på samma sätt som Stål-typer av Pokémon på ön, blir Riley och våra Hjältar storligen oroade och vi undrar hur de någonsin ska klara av att stoppa Team Galactic.
