Problemer tårner seg opp!

Premieutdelingen i Kalos-ligaen blir avbrutt når enorme slyngplanter sluker stadion og truer med å overta Lumiose City! Lysandre kunngjør Team Flares manifest. De vil skape en ny verden, hvor bare de "utvalgte" får være med dem! Ash og Alain setter av gårde for å redde Mairin, men Ash blir sjokkert over å oppdage at Alain har jobbet med Lysandre, og Team Flare fanger Ash i toppen av Prismetårnet. Vennene hans prøver å hjelpe, men en sint Zygarde står i veien for dem .. helt til den blir konfrontert av en Zygarde til, når Myki transformerer seg og avslører sin sanne identitet! Et oppgjør er nært forestående, og det er Zygarde mot Zygarde!