På sin reise kommer våre helter og N over flere Team Plasma-tilhengere som fanger uskyldige Pokémon og bruker dem som testobjekter. Det oppstår en kamp mellom de to partene, og N havner midt i skuddlinjen og blir alvorlig skadet. To mystiske kvinner kommer ut av en tett tåke og tar med seg N til en dam langt ute i skogen, og våre helter følger etter.
Våre helter står forbauset og ser på at N blir fullstendig frisk igjen. De får vite at N og hans to kompanjonger, Concordia og Anthea, bor på et hemmelig skjulested, som også er et fristed for skadede Pokémon.
N forteller at han som liten gutt bodde i et herskapshus og aldri fikk gå ut. Concordia, Anthea og N ble alle tre fortalt av Ghetsis, Team Plasmas leder, at de var forutbestemt til å kunne høre de indre stemmene til Pokémon, og at de dermed kunne hindre at Pokémon ble dårlig behandlet av mennesker. Men når Ghetsis blir konfrontert av den legendariske, og veldig sinte Reshiram, innser de at Ghetsis har løyet til dem.
Fortsatt er N og kompanjongene hans overbevist om at man ikke kan stole på mennesker, og mener at Pokémon må holdes unna mennesker.
Våre helter bestemmer seg for å vise at de tar feil, og Concordia og Anthea blir snart overrasket over hvor godt Pokémon går overens med de unge trenerne.
Når Team Plasma finner skjulestedet til N, oppstår det en ny kamp. Men våre helter er parat, og Team Plasma trekker seg tilbake, for denne gang.
Likevel holder N, Concordia og Anthea fast på overbevisningen om at Pokémon og mennesker ikke bør leve sammen, så de tar farvel og forsvinner i tåken. Ash og vennene hans lurer på om de noen gang kommer til å få se vennen sin N igjen.
