I det våre helter fortsetter på reisen, finjusterer Team Plasma sin onde plan: å fange og kontrollere alle Pokémon, øke raseriet og angrepsstyrken maksimalt, ved bruk av apparatet Dr. Colress har utviklet. Agentene til Team Plasma holder også et øye med Cedric Juniper og hans team ute ved De hvite ruiner, samtidig som de leter etter N.
Ash og de andre blir stoppet av Officer Jenny, som forteller dem at broen er stengt på grunn av en rasende Haxorus som ramponerer byen. Iris vet at en dragetype aldri ville gjort noe sånt uten grunn, så de løper av gårde og prøver å finne en annen vei inn til byen. De finner en robåt som er lekk. De kommer fram til en by som virker forlatt, men plutselig løper de rett på Looker fra det internasjonale politi. Looker leder sin egen etterforskning. Ash presenterer Looker for N, men Looker har allerede kjent ham igjen som en Team Plasma ser etter. I mellomtiden har Team Rocket sett på ødeleggelsene og tenker at det må være Team Plasma som har fått Haxorus til å gjøre dette (basert på hva de har sett i Flocessy Town). Jessie, James og Meowth bestemmer seg for at det apparatet Team Plasma har brukt for å oppnå dette resultatet, det skal de ha! Når våre helter og N finner Haxorus, prøver de å roe den ned. Men når Iris henter fram Dragonite for å hjelpe, sikter Colress på den. Dragonite blir truffet, og blir like rasende som Haxorus. Slåssingen fortsetter, og når Team Plasma oppdager N, blir det tydelig at de kjenner hverandre fra før. Team Plasma vil at N skal bli med dem, men N nekter. Han ber dem la ham være i fred. Og når Iris havner midt i skuddlinjen, dytter N henne ut av veien. Han blir selv truffet, og slått bevisstløs. I mellomtiden har Team Rocket prøvd å stjele flyet til Team Plasma (og det apparatet de kontrollerer Pokémon med) mens Team Plasma var opptatt med noe annet. Men det går ikke ubemerket hen så lenge, og når slåssingen begynner igjen, blir apparatet ødelagt av et angrep av Team Plasmas Liepard. Haxorus og Dragonite blir sluppet fri, Colress signaliserer retrett, og Team Plasma stikker av, selv om de vet at Lord Ghetsis, lederen, vil at de skal få tak i N uansett hva det koster.
Ash, Iris og Cilan prøver forgjeves å vekke N. En mystisk tåke legger seg over landskapet, og to kvinner dukker opp. De får sine Pokémon, Gothitelle og Gardevoir, til å løfte N, og dra av gårde med ham. Våre helter og Team Rocket følger etter dem. Skurketrioen havner bokstavlig talt på kanten av stupet, mens våre helter står ved foten av fjellet, og ser på at kvinnene senker N ned i et vann. Hva er det de gjør med ham? Svarene kommer, i det reisen fortsetter.
