I et mørkt laboratorium eksperimenterer vitenskapsmannen Colress på en skrekkslagen Galvantula, og prøver å øke dens kraft ved å bruke elektromagnetiske bølger. Det virker som han er medlem av en mystisk organisasjon som kalles Team Plasma, som har som mål å herske over Unova-regionen. I mellomtiden er våre helter på vei til De hvite ruiner via Floccesy Town. Der blir de angrepet av tre sinte Amoonguss. Ash, Iris og Cilan nedkjemper dem og tar dem med til Pokémon-senteret, hvor det viser seg at det er helt fullt. Nurse Joy forteller at det er flere fjell-Pokémon som har kommet ned fra fjellet og begynt å angripe folk helt umotivert, og en av trenerne sier at han har sett noen fremmede oppe ved det forlatte observatoriet nær toppen av fjellet.
Ash og de andre drar avgårde for å undersøke saken. Etter en stund treffer de på en skjeggete mann som råder dem fra å gå videre fordi det er for farlig. Det viser seg raskt at han har rett, for plutselig begynner alle Pokémon i området å angripe dem, inkludert Pikachu og Axew. Mannen har et skjold som beskytter de Pokémon mot de farlige EM-bølgene. Etter at de har roet seg fjerner han forkledningen sin. Det er etterforsker Looker fra det internasjonale politi, sist sett da han nedkjempet Team Galactic i Sinnoh-regionen, og nå på jakt etter Team Plasma. Han har fulgt etter dem til det forlatte observatoriet, og naturligvis blir våre helter med ham videre for å hjelpe til.
Når de konfronterer Team Plasma inne i observatoriet bestemmer Colress seg for at Pikachu er det perfekte testobjektet for sine eksperimenter. Det oppstår et intenst øyeblikk når Pikachu kjemper mot apparatet til Colress, men båndet melllom Ash og Pikachu er sterkere enn noen EM-bølge, og Pikachu bryter seg løs. Mens Colress beundrer det han nettopp har sett, oppdager han at en merkelig dings er plugget inn i apparatet hans, og den stjeler dataene! Det er Team Rocket! De tar noe av utstyret - og slik løses alle fjell-Pokémon fra Colress sin kontroll - og flykter i ballongen sin. Men en missil fra Team Plasmas luftskip sender dem raskt opp i lufta. Looker skjønner at det gjenværende utstyret er innstilt på selvødeleggelse, og sørger for at alle kommer seg raskt ut av bygningen før observatoriet sprenges i lufta og ødelegger alt bevis på at Team Plasma har vært der og på Colress sine eksperimenter. Han lover å komme til bunns i Team Plasmas skurkeplaner, og Ash og de andre ønsker ham lykke til i det de tar farvel med ham og reiser videre til De hvite ruiner.
