Mens Ash holder på med litt spesialtrening på Cynthias feriested som forberedelse til Unova-ligaen, holder kjeltringene i Team Rocket på å avslutte sine forberedelser for å sette ut i livet deres seneste djevelske plan: Operasjon Uvær!
Etter å ha fulgt med på en treningskamp, ønsker Meloetta også å være med! Ash og Krookodile har akkurat akseptert Meloettas utfordring når en enorm Golurk daler ned over kamparenaen, med sin trener, Ridley, på ryggen—som umiddelbart beskylder Ash for å være en kjeltring og for å ha kidnappet Meloetta! Misforståelsen blir raskt ryddet opp i, og Ridley forklarer at han er en av Meloettas beskyttere, og at han og Golurk har vært på leting etter den Mytiske Pokémon i lang tid etter at den ble brakt av sted av noen ukjente kjeltringer.
Kjeltringene det er snakk om gjør seg raskt til kjenne: et par av Team Rockets agenter har sporet Meloetta til Cynthias hus, med den hensikt å gjenerobre den! Ridley sier at han og Golurk vil kjempe mot dem mens Ash og de andre får brakt Meloetta i trygghet, og de flykter av sted—men de blir stoppet av Jessie, James og Meowth! Iris og Cilan tar opp kampen mot dem mens Ash, Pikachu og Meloetta fortsetter alene.
Dessverre havner de rett i fanget på Team Rocket, og sjefen venter bare på å pågripe dem! Giovanni og hans Persian setter Ash og Pikachu i et bur, og han gir Meloetta ordre om å overgi seg eller være vitne til at vennene må lide. Meloetta har ikke noe valg, og de tre blir tatt med i Team Rockets helikopter, som så forvandles til en undervannsbåt som dykker ned til en tempelruin på bunnen av Undella-bukten.
Ash følger hjelpeløst med på når Meloetta blir holdt tilbake inni tempelet. Dr. Zager begynner å spille av et opptak av Meloettas sang, som åpner et gammelt segl, forvandler tempelet og hever til overflaten inne i bukten. Så snart kysten er klar, begir Giovanni seg på vei langt inn i inn for å finne Sannhetsspeilet—et mystisk speil med ukjente krefter! Hva handler virkelig Operasjon Uvær om? Kan dette være den største trusselen Unova-regionen noen gang har stått overfor?!
