Team Rocket heeft Meloetta gevangen, naar de Onderwater Tempel gebracht en een opname gebruikt van het lied van Meloetta om de tempel naar de oppervlakte te laten stijgen. Nu gaat Operatie Storm verder terwijl Giovanni de mysterieuze Waarheidsspiegel in handen krijgt en gebruikt om de drie Legendarische Pokémon Tornadus, Thundurus, en Landorus op te roepen.
Meloetta’s beschermer Ridley legt uit dat degene die de macht heeft over Meloetta, ook de macht heeft over deze drie oeroude krachten. Het plan van Team Rocket is slechts het nieuwste plan in een reeks pogingen van kwaadwilligen die door de jaren heen hebben geprobeerd om de Unova Regio in handen te krijgen door gebruik te maken van de Waarheidsspiegel. Onze helden kijken vol afschuw toe terwijl de drie Legendarische Pokémon veranderen in Totem Forme en zich voorbereiden om Unova naar de ondergang te leiden.
Ash en Pikachu weten te ontsnappen uit hun kooi en een enorm Pokémon gevecht begint vorm te krijgen: Dragonite van Iris, Pansage van Cilan, Garchomp van Cynthia, Golurk van Ridley en Unfezant van Ash, vormen samen met Pikachu oppositie tegen de angstaanjagende Tornuadus, Thundrus en Landorus. Een knallende aanval van Thundurus haalt bijna Iris onderuit, maar Pikachu werpt zichzelf in de baan van de bliksem om haar te beschermen. Dan, met de extra elektriciteit die hij heeft geabsorbeerd tijdens de aanval, lanceert Pikachu een enorme Elektrobal om Team Rocket te verslaan en Meloetta te bevrijden.
Maar Giovanni heeft nog steeds de Waarheidsspiegel en zonder de kalmerende invloed van Meloetta wordt hij volledig in bezit genomen door kwaadaardige ambities: in plaats van het veroveren van de Unova regio, wil hij die nu vernietigen! Maar Jessie, James en Meowth komen in actie om hun Baas van dit rampzalig pad af te houden en zodra hij weer bij zinnen is, terug Team Rocket zich met tegenzin terug.
Ridley gebruikt dan de Waarheidsspiegel om de drie Legendarische Pokémon terug te laten keren naar hun Incarnatie Forme en Meloetta tempert hun woede met haar lied. Nu een ramp is voorkomen, nemen Ridley en Meloetta afscheid van onze helden en bereiden zij zich voor om terug te keren naar huis. Maar Ash weet dat zij elkaar ooit weer tegen zullen komen en alle ogen zijn nu weer gericht op de Unova League.
