Terwijl Ash bezig is met wat speciale training in het huis van Cynthia, ter voorbereiding op de Unova League, ronden de boeven van Team Rocket hun voorbereiding af voor hun nieuwste duivelse plan: Operatie Storm!
Nadat Meloetta een trainingsgevecht heeft gezien, wil ze meedoen aan de actie. Ash en Krookodile hebben net de uitdaging van Meloetta aangenomen als een enorme Golurk neerdaalt op het strijdveld, bereden door zijn trainer Ridley, die onmiddellijk Ash een oplichter noemt en hem beschuldigt van het kidnappen van Meloetta. Het misverstand is snel uit de weg geruimd en Ridley legt uit dat hij een van Meloetta’s beschermers is en dat hij en Golurk al enige tijd op zoek zijn geweest naar de Mythische Pokémon nadat die was meegenomen door een paar onbekende schurken.
De schurken in kwestie maken zich snel bekend: een paar agenten van Team Rocket hebben Meloetta gevolgd naar het huis van Cynthia, met de bedoeling haar opnieuw te vangen! Ridley zegt dat hij en Golurk met ze zullen vechten terwijl Ash en de andere Meloetta in veiligheid moeten brengen. Zij rennen weg, maar hun pad wordt geblokkeerd door Jessie, James en Meowth! Iris en Cilan nemen het tegen hen op terwijl Ash, Pikachu en Meloetta alleen verder gaan.
Helaas spelen ze Team Rocket in de hand en de Baas staat hen op te wachten. Giovanni en zijn Persian vangen Ash en Pikachu in een kooi en hij geeft Meloetta het bevel om zich over te geven of anders toe te zien hoe haar vrienden worden pijn gedaan.
Meloetta heeft geen keus en ze worden alle drie meegenomen in de helikopter van Team Rocket en dan overgebracht naar een duikboot die afdaalt naar een vervallen tempel op de bodem van Undella baai.
Ash ziet hulpeloos toe hoe Meloetta wordt vastgehouden in de tempel. Dokter Zager begint een opname van Meloetta’s spookachtige lied af te spelen, waardoor een oud zegel wordt geopend, de tempel zich transformeert en begint te rijzen naar de oppervlakte van de baai. Zodra een pad zichtbaar is, baant Giovanni zich een weg naar het binnenste van de tempel en eist de Waarheidsspiegel op, een mystieke spiegel met ongekende krachten. Waar draait Operatie Storm werkelijk om? Zou dit de grootste bedreiging kunnen zijn waar de Unova regio ooit mee te maken heeft gehad?
