Continuando assieme il loro viaggio, i nostri eroi ed N si imbattono improvvisamente in un gruppo di scagnozzi del Team Plasma che stanno catturando ed usando degli innocenti Pokémon come cavie da laboratorio! Mentre imperversa una furiosa battaglia tra le due fazioni, N si ritrova nel mezzo del fuoco incrociato e viene ferito gravemente. Due donne misteriose fuoriescono da una fitta nebbia e portano lo svenuto N ad uno stagno nella foresta dove lo immergono mentre i nostri eroi assistono ammutoliti al dramma che si sta svolgendo sotto i loro occhi.
Sbalorditi, Ash e i nostri eroi osservano N completamente guarito! Ben presto scoprono che N e le sue due amiche, Concordia e Antea , vivono in un rifugio segreto che è anche un santuario per i Pokémon feriti.
N racconta di come da bambino vivesse in un palazzo da cui non gli era mai concesso uscire. A lui, Concordia ed Antea era stato detto da Ghecis – il leader del Team Plasma – che erano destinati ad usare il loro potere di capire le voci interiori dei Pokémon per impedire che questi venissero maltrattati dalle persone. Ma quando Ghecis viene affrontato dal Pokémon leggendario Reshiram su tutte le furie, diventa chiaro che egli ha mentito loro per tutto il tempo.
Ora, N e le sue amiche sono ancora convinti che non bisogni fidarsi delle persone per tutelare il benessere dei Pokémon, e credono che i Pokémon stessi debbano essere tenuti lontano dagli esseri umani. Tuttavia i nostri eroi sono determinati a dimostrare che si stanno sbagliando, e Concordia ed Antea si sorprendono molto presto nel vedere come i Pokémon precedentemente maltrattati si affezionino ai giovani Allenatori.
Quando i tirapiedi del Team Plasma scoprono dove si trova N, scoppia un’altra violenta battaglia, ma i nostri eroi sono all’altezza della sfida e il Team Plasma viene nuovamente sconfitto - almeno per il momento!
Eppure, N, Antea e Concordia continuano a credere che i Pokémon e le persone non possano coesistere e quindi dicono addio ai nostri eroi e svaniscono nella nebbia. Ash e i suoi compagni si chiedono se rivedranno mai il loro amico N.
