Ogni anno, la città lagunare di Altomare ospita, nei suoi canali, una gara speciale per i Pokémon di tipo Acqua. Naturalmente anche questa volta Ash e Misty sono tra i concorrenti favoriti! Pur non vincendo, Ash entra nel cuore di una ragazza misteriosa che lui stesso salva da due sorelle malintenzionate e che scopre non essere una semplice ragazza, ma il Leggendario Latias!

Ash può così dare un'occhiata al mondo segreto di Latios e Latias, che è ora minacciato dalle due donne, Annie e Oakley, sulle tracce dei due Pokémon Leggendari e di un misterioso gioiello chiamato Gemma dell'Anima; la combinazione di elementi consente di controllare una potente macchina in grado di proteggere da ogni pericolo. Quando la macchina è danneggiata, non si trovano in grave pericolo solo Latios e Latias, ma anche l'intera città di Altomare.