Giovanni, il capo del Team Rocket, intende dominare il mondo e, per farlo, coinvolge il suo nuovo esperimento, un potente clone di Mew denominato Mewtwo. Mewtwo è molto potente oltre che intelligente, a tal punto da non voler essere controllato da Giovanni. Dopo essere fuggito dal laboratorio, Mewtwo inizia ad architettare un proprio piano, invitando clandestinamente alcuni Allenatori di Pokémon affinché partecipino al suo ultimo test. Naturalmente, trattandosi di un evento destinato ai migliori Allenatori, Ash Ketchum è in prima fila!

L'interesse di Ash si tramuta in paura e rabbia quando Mewtwo rivela il proprio piano di dominio, ovvero creare potenti cloni di tutti i Pokémon degli Allenatori, così da equilibrare la "disparità" esistente tra i Pokémon e i rispettivi Allenatori. Nonostante le proteste di Ash, Mewtwo rifiuta di credere che i Pokémon e gli essere umani possano essere amici. Tuttavia, colpito dalla determinazione del giovane Allenatore e dall'amore dei suoi Pokémon, Mewtwo potrebbe dover rinunciare ai suoi piani, specialmente dopo essersi scontrato con i poteri del misterioso Mew!

Il film Pokémon Mewtwo contro Mew è disponibile per il noleggio o l'acquisto sull'iTunes Store! Assisti alla prima avventura sul grande schermo di Ash, Pikachu e dei loro amici!

Inoltre, è disponibile un nuovo libro interattivo nella sezione iBooks dell'iTunes Store intitolato A Pokémon Super Story! Pokémon: The First Movie. Questo libro interattivo (in inglese) di 48 pagine contiene 24 videoclip con le scene più avvincenti della prima avventura cinematografica! Goditi questa avventura interattiva con al centro Mew, Ash, Pikachu e il Pokémon leggendario Mewtwo!