La Cometa del Millennio sta nuovamente per fare la sua attesissima comparsa nei cieli, esaudendo i desideri di chiunque riesca a scorgerla. Per celebrarla anche Ash e i suoi amici si recano al Festival del Millennio e assistono allo spettacolo del grande mago Butler durante il quale Max percepisce il richiamo di una voce misteriosa da una pietra in possesso di Butler. Dalla stessa comparirà Jirachi che diventa subito amico di Max, anche se la loro amicizia potrà durare solo per i pochi giorni in cui la Cometa del Millennio sarà visibile in cielo.

Max è ansioso di passare più tempo possibile con il suo nuovo amico; tuttavia Butler ha altri piani per Jirachi che non sono altrettanto amichevoli: far rivivere il Leggendario Groudon, desiderio che Jirachi potrebbe esaudire.

Riusciranno Max, Ash, Vera e Brock a fermare Butler e a salvare Jirachi prima che Groudon possa distruggere la terra?