Un chasseur de trésor effraie Sacha et ses amis en émergeant soudain de la mer, persuadé d'avoir fait la plus grande découverte de sa vie. Toujours désireux de résoudre des mystères en rapport avec les Pokémon, nos héros se portent volontaires pour l'aider dans ses recherches, guidés par un Pokémon antique, Relicanth, qui d'après le plongeur les mènera au trésor. Mais bien entendu, les bandits de la Team Rocket les suivent de près en attendant le bon moment pour attaquer, tandis que les jeunes Dresseurs s'enfoncent de plus en plus profondément dans la mer.