Les habitants d'une ville éloignée se comportent étrangement, et il est difficile de savoir si c'est la chute d'une météorite ou l'apparition d'un mystérieux Pokémon extraterrestre, ou peut-être les deux, qui en sont responsables. Pour résoudre le mystère et permettre aux habitants de retrouver leurs esprits, Sacha et ses amis se lancent à la recherche du Pokémon extraterrestre. Pendant ce temps, la Team Rocket et une étrange bande de théoriciens de la conspiration, qui s'intéressent à tous les mystères liés aux Pokémon, convergent en ville.