Sasha et ses amis visitent une station météorologique, suivis de près par la Team Rocket. Mais leur visite est vite gâchée par la Team Aqua, qui s’introduit dans le complexe pour s’emparer de données concernant les Pokémon Kyogre et Groudon. Aidés du mystérieux Pokémon Morphéo, nos jeunes Dresseurs viendront-ils à bout de cette puissante organisation criminelle ?